18 октября 1918 года – открыта первая амбулатория водников В 1929 году на ее базе создана Московская поликлиника водников

К началу 40-х годов к поликлинике добавился стационар на 35 коек. В 1949 году больница и поликлиника объединились и постепенно стали превращаться в лечебно-профилактический центр Московско-Окского бассейна под названием Бассейновой больницы Московско-Окского водздравотдела. На базе больницы повышали квалификацию и получали специализацию врачи и средний медперсонал всех больниц Московско-Окского бассейна. В связи с объединением в 1953 году сети учреждений Московско-Окского водздравотдела и канала им. Москвы больница получила название Бассейновой больницы №1

В начале 60-х годов больница вошла в состав Центральной больницы Министерства здравоохранения РСФСР.

В 2001 году на базе больницы создано государственное учреждение «Государственный медицинский центр Минздрава России». В 2003 году медицинский центр реорганизован в Федеральное государственное учреждение «Национальный медико-хирургический центр им. Н. И. Пирогова Минздрава России».

В 2006 году ФГАУ «Лечебно-реабилитационный центр» выделен из состава «Национального медико-хирургического Центра им. Н.И.Пирогова Росздрава» (распоряжение Правительства Российской Федерации от 15 мая 2006 года № 694-р)